In questa stagione è stato avviato anche il progetto della seconda squadra, ovvero il Milan Futuro che ha militato nel girone B della Serie C. Anche in questo caso, il cammino è stato pieno di ostacoli: c'è stato un cambio in panchina, con Massimo Oddo che ha sostituito Daniele Bonera in corsa, ma i risultati non sono migliorati e i rossoneri si sono ritrovati a giocare il playout con la SPAL. All'andata il Milan si è imposto per 1-0, ma a Ferrara è stato completamente ribaltato (2-0 per i padroni di casa) e il fischio finale dell'arbitro ha sancito la retrocessione in Serie D.

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